مشکلات ios 9.3 پس از انتشار، بارها برای مدل های مختلف، گزارش شده اند.
شروع انتشار ios 9.3 با مشكلاتي همراه بوده است. حتي کار به جایی رسید که پس از كشف مشکلي براي دستگاه های قدیمی تر، شرکت اپل به طور موقت انتشار اين به روز رسانی را برای آن مدل ها متوقف كرد. در واقع یکی از مشکلات ios 9.3 مربوط به این بود مدل هاي قديمي مثل آيفون ٥ اس يا آيپد اير و آيپد اير ٢، پس از به روز رساني به ios 9.3 از كار مي افتادند و مانند آجري بلا استفاده مي شدند. از اين رو، اپل پس از اينكه موقتا انتشار اين نسخه را براي مدل هاي قديمي متوقف كرد، يك نسخه ي اصلاح شده از ios 9.3 را براي آنها منتشر نمود. اكنون نيز یکی دیگر از مشکلات ios 9.3 گزارش شده است. در وب سایت انجمن پشتیبانی اپل، برخی از شکایات نشان مي دهد كه آیفون ٦ اس و آيفون ٦ اس پلاس پس از بروز رساني به نسخه ي جديد سيستم عامل اپل دچار مشكل شده اند.
مشکلات ios 9.3 در یکی از ویدیوهای یوتیوب دیده می شود و تعداد شكايات نيز زياد بوده است بنابراين حتما اپل راه حلی برای مشکل اخیر خواهد یافت و به زودي آن را رفع خواهد كرد.
