مشکلات ios 9.3 پس از انتشار، بارها برای مدل های مختلف، گزارش شده اند.
شروع انتشار ios 9.3 با مشکلاتی همراه بوده است. حتی کار به جایی رسید که پس از کشف مشکلی برای دستگاه های قدیمی تر، شرکت اپل به طور موقت انتشار این به روز رسانی را برای آن مدل ها متوقف کرد. در واقع یکی از مشکلات ios 9.3 مربوط به این بود مدل های قدیمی مثل آیفون ۵ اس یا آیپد ایر و آیپد ایر ٢، پس از به روز رسانی به ios 9.3 از کار می افتادند و مانند آجری بلا استفاده می شدند. از این رو، اپل پس از اینکه موقتا انتشار این نسخه را برای مدل های قدیمی متوقف کرد، یک نسخه ی اصلاح شده از ios 9.3 را برای آنها منتشر نمود. اکنون نیز یکی دیگر از مشکلات ios 9.3 گزارش شده است. در وب سایت انجمن پشتیبانی اپل، برخی از شکایات نشان می دهد که آیفون ۶ اس و آیفون ۶ اس پلاس پس از بروز رسانی به نسخه ی جدید سیستم عامل اپل دچار مشکل شده اند.
